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TYPE DE DIPLOME : Diplôme d'université (DU-DIU)

DU Bioinformatique intégrative (DUBii)

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
 
  • Niveau d'études visé

    BAC +5

  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

CANDIDATURES : du 1 septembre au 15 novembre 2021

La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l’analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d’interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L’appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s’adresse en priorité à des biologistes ou à des médecins  souhaitant évoluer en compétences ou envisager une reconversion professionnelle.

Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d’immersion sur une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d’un projet tutoré. Ce projet de 20 jours consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”).

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Compétences visées

  • Maîtriser l’environnement informatique en ligne de commandes (Unix) 
  • Gérer la parallélisation des tâches ; développer des scripts en Python et en R.
  • Concevoir et mettre en oeuvre des workflows d’analyse combinant des données de natures diverses afin d’extraire les informations pertinentes et d’en dériver une interprétation intégrative.
  • Connaître et utiliser les ressources matérielles et logicielles déployées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

 

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Programme

DURÉE DE LA FORMATION : 268 heures

DATE : du 1 mars au 30 juin 2021 (Soutenance incluse)

avec financement Pôle Emploi : 1500 € TTC (TVA 0%) + droits d'inscription en vigueur

LIEU DE FORMATION : Campus des  Grands Moulins - UFR Sciences du vivant- Bâtiment Lamarck B 35 rue Hélène Brion 75013 Paris

CAPACITÉ : 20 stagiaires

La formation cumule  128h de cours théoriques et pratiques dont 32h en distanciel, 140h de stage sur plateforme de bio-informatique à l'IFB dont un projet tutoré. Une soutenance s'effectuera à la fin de la formation.

Enseignements théoriques et pratiques : 4 semaines (du 1er mars au 1er avril 2021) en 4 sessions de 4 jours (du lundi 10h00 au jeudi 16h00), avec une semaine d’interruption du 15 au 19 mars 2021.

Projet tutoré - stage : 20 jours (avril-mai 2021)

Les cours-TP bénéficieront d’un double encadrement. L’apprentissage de la programmation sera proposé par une approche piscine (immersion immédiate dans la pratique, très peu de théorie, rythmes adaptés à chacun).

L'enseignement est organisé en 7 modules :

  • Environnement Unix
  • Initiation à la programmation et manipulation de données biologiques en Python
  • Analyse statistique avec R
  • Production des données à haut débit et sources de données pour la biologie intégrative
  • Méthodes et outils bioinformatiques pour l’analyse des données à haut débit
  • Bioinformatique intégrative
  • Projet tutoré

Ressources matérielles

Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :

  • d'échanger des fichiers, des données
  • de partager des ressources, des informations
  • de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS

Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.

À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.

Un questionnaire d’évaluation à froid est également envoyé au prescripteur de la formation (sous 6 mois), afin d’assurer un suivi sur l’impact de la formation sur le poste de travail.

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Stages et projets tutorés

Le projet tutoré débutera en amont de la période d’enseignement (identification et préparation par les apprenants des données pertinentes, validation du projet par les tuteurs), se poursuivra pendant les semaines de cours (ateliers d’élaboration conceptuelle des workflows), et s’achèvera par un stage d’un mois en immersion sur l’une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

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Aménagements particuliers

Université de Paris s’engage pour un accueil et un accompagnement personnalisé des personnes en situation de handicap, tout au long de leur parcours de formation. Pour plus d’informations sur les modalités et pour avoir le contact de votre interlocuteur, veuillez cliquer ici

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Admission

Public cible

Techniciens et ingénieurs de la recherche, post-doc, chercheurs, enseignant-chercheurs, doctorants (si prise en charge des frais de formation par l’employeur) du secteur public et du secteur privé.

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Pré-requis

Niveau Licence de biologie minimum (ou équivalent via l’expérience professionnelle). Ayant déjà acquis des compétences (formation courte, auto-apprentissage, expérience de terrain) en informatique ou bio-informatique/biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation) avec des jeux de données identifiés à analyser et à interpréter dans un contexte de bio-informatique intégrative. La sélection des candidats se fera sur dossier avec éventuellement un entretien oral.

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Droits de scolarité

TARIFS :

avec financement entreprise/organisme : 4000 € TTC (TVA 0%) + droits d'inscription en vigueur

avec financement individuel : 1800 € TTC (TVA 0%) + droits d'inscription en vigueur

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Contacts

  • Bertrand COSSON

    Responsable(s) pédagogique(s)
    • 0157278966
    • bertrand.cosson@u-paris.fr
  • Reine RIGAULT

    Contact(s) Formation Continue
    • 01 57 27 82 34
    • reine.rigault@u-paris.fr

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