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DU BioInformatique Intégrative - DUBii - FP - Campus GM

Domaine : Sciences, Technologie
 
 
  • ECTS

    60 crédits crédits

  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l’analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d’interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L’appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes
de recherche et des plateformes de service.

Le DU en bioinformatique intégrative s’adresse en priorité à des biologistes ou à des médecins souhaitant évoluer en compétences ou envisager une reconversion professionnelle.

Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d’immersion sur une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d’un projet tutoré. Ce projet de 20 jours consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”).

Compétences visées

* Maîtriser l’environnement informatique en ligne de commandes (Unix)

* Gérer la parallélisation des tâches

* Développer des scripts en Python et en R.

* Concevoir et mettre en œuvre des workflows d’analyse combinant des données de natures diverses afin d’extraire les informations pertinentes et d’en dériver une interprétation
intégrative.

* Connaître et utiliser les ressources matérielles et logicielles déployées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

Programme

DURÉE DE LA FORMATION : 268 heures

DATE : 2 mars au 30 juin 2021 (soutenance incluse

TARIFS : avec financement entreprise/organisme : 4000 € TTC (TVA 0%) + droits d'inscriptions en vigueur

avec financement individuel : 1800 € TTC (TVA 0%) + droits d'inscriptions en vigueur

avec financement Pôle Emploi : 1500 TTC (TVA 0%) + droits d'inscriptions en vigueur

LIEU DE FORMATION : Campus Grands Moulins - UFR Sciences du vivant - Bâtiment Lamarck B - 35 rue Hélène Brion 75013 Paris

CAPACITÉ : 20 stagiaires

La formation cumule  128h de cours théoriques et pratiques dont 32h en distanciel, 140h de stage sur plateforme de bio-informatique à l'IFB dont un projet tutoré. Une soutenance s'effectuera à la fin de la formation.

Enseignements théoriques et pratiques : 4 semaines (du 2 mars au 2 avril 2020) en 4 sessions de 4 jours (du lundi 10h00 au jeudi 16h00), avec une semaine d’interruption du 16 au 20 mars 2020.

Projet tutoré - stage : 20 jours (avril-mai 2021)

Soutenance : juin 2021

Les cours-TP bénéficieront d’un double encadrement. L’apprentissage de la programmation sera proposé par une approche piscine (immersion immédiate dans la pratique, très peu de théorie, rythmes adaptés à chacun).

L’enseignement est organisé en 7 modules

1. Environnement Unix

2. Initiation à la programmation et manipulation de données biologiques en Python

3. Analyse statistique avec R

4. Production des données à haut débit et sources de données pour la biologie intégrative

5.Méthodes et outils bioinformatiques pour l’analyse des données à haut débit

6. Bioinformatique intégrative

7. Projet tutoré

 

Contrôle des connaissances

25% sur l’assiduité en formation
25% sur notation pour chaque module
50% sur un examen final (soutenance orale du projet tutoré sur une
plateforme de l’IFB)

Admission

Public cible

Techniciens et ingénieurs de la recherche, post-doc, chercheurs, enseignant-chercheurs,
doctorants (si prise en charge des frais de formation par l’employeur) du secteur public et du secteur privé.

Conditions d'admission

Niveau Licence de biologie minimum (ou équivalent via l’expérience professionnelle). Ayant déjà acquis des compétences (formation courte, auto-apprentissage, expérience de terrain) en
informatique ou bioinformatique/biostatistique (environnement Unix, Python ou R ou autre langage de programmation), avec des jeux de données identifiés à analyser et à interpréter dans un contexte de bioinformatique intégrative.
La sélection des candidats se fera sur dossier, avec éventuellement un entretien oral.

Contacts

  • Reine Rigault

    Contact administratif
    • 0157278234
    • fcsdv@u-paris.fr

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