DU Création, analyse et valorisation de données biologiques omiques

IMPORTANT : INSCRIPTIONS OUVERTES Début prochaine session : janvier 2027  Candidatures possibles jusqu'au 1er octobre 2026

Référence formation : DUS051

Volume horaire : 180 heures

Commission d'admission : 

Calendrier :

Rythme : la formation se compose de 10 sessions, à raison de 2 jours par mois pendant 10 mois.

• session 1 : 7-8 janvier 2027
• session 2 : 4-5 février 2027
• session 3 : 11-12 mars 2027
• session 4 : 1-2 avril 2027
• session 5 : 29-30 avril 2027
• session 6 : 3-4 juin 2027
• session 7 : 1-2 juillet 2027
• session 8 : 23-24 septembre2027
• session 9 4-5 novembre 2027
• session 10 : 9-10 décembre 2027

CONTENUS PÉDAGOGIQUES:

• Plan d’expérience et génération de données "omiques" (génomique, transcriptomique, épigénomique, protéomique)
• Gestion de données expérimentales et reproductibilité des analyses (FAIR, Git, Rmarkdown, environnements Conda)
• Outils statistiques et réduction de dimension
• Automatisation du processus d’analyse de données (workflows, Unix/Shell, cluster de calcul)
• Analyse de données omiques à haut débit : RNA-seq, méthylation ADN, single-cell, transcriptomique spatiale, intégration multiomique
• Intelligence artificielle appliquée à l’analyse biologique
• Présentation et valorisation des résultats pour publication, méthodes de représentation de données, outils logiciels associés
• Projet (mise en application des compétences acquises dans un projet personnel)

MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D'ENCADREMENT

Équipe pédagogique :

Ce diplôme a été créé et développé par Bertrand Cosson, Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain. La nouvelle équipe pédagogique prend appui sur cette fondation pour enrichir la formation des avancées récentes en omiques et en intelligence artificielle.

Nouvelles biographies (ordre alphabétique après Bertrand Cosson) :

Bertrand Cosson est professeur à Université Paris Cité et responsable scientifique de la plateforme iPOP-UP. Spécialiste de la régulation de l'expression des gènes, il développe des approches combinant biologie moléculaire et bioinformatique pour l'analyse des données de transcriptomique et d'épigénomique. Il dirige le DU et intervient dans plusieurs formations en bioinformatique et analyse de données.

Jérémy Berthelet est maître de conférences à Université Paris Cité au sein de l'unité Épigénétique et Destin Cellulaire (CNRS UMR 7216). Ses travaux portent sur l'épigénétique, la stabilité du génome et les mécanismes de réponse aux dommages de l'ADN. Il enseigne la biologie moléculaire, la génomique et les approches d'analyse des données de séquençage à haut débit.

Sandrine Caburet est maîtresse de conférences à Université Paris Cité et chercheuse à l'Institut Jacques Monod. Spécialiste de génétique et de génomique, elle travaille sur la génétique de la reproduction, l'interprétation des variants et les technologies de séquençage à haut débit. Elle est également investie dans le développement de formations innovantes en bioinformatique et génomique.

Yves Clément est maître de conférences à Université Paris Cité et chercheur à l'Institut Jacques Monod. Ses recherches portent sur la génomique comparative et fonctionnelle, la biologie évolutive et l'analyse des données omiques. Il enseigne la bioinformatique, les biostatistiques et les méthodes d'analyse des données de séquençage.

Olivier Kirsh est maître de conférences à Université Paris Cité au sein de l'unité Épigénétique et Destin Cellulaire (CNRS UMR 7216). Bioinformaticien, il enseigne la bioinformatique, les biostatistiques, la génomique fonctionnelle et développe des méthodes d'analyse pour les données de séquençage à haut débit, notamment en épigénomique.

Des experts de différents domaines (épigénomique, transcriptomique végétale, intelligence artificielle appliquée, bioinformatique clinique) participent également à l'enseignement en fonction des thématiques abordées.

Moyens d'enseignement pédagogique

90 h de cours/TP et 90 h de mise en situation avec suivi pédagogique. Les cours/TP bénéficient d’un double encadrement en binôme et sont organisés autour de séquences de cours théoriques relativement courtes, pour laisser une large place à la réalisation pratique. L'enseignement est organisé en deux parties complémentaires : une partie fondamentaux (sessions 1 à 5), puis des journées thématiques par type de données (sessions 6 à 10), chaque type de données étant abordé à partir de sa structure propre pour en déduire les méthodes d'analyse adaptées.

Ressources matérielles :

Un ordinateur est mis à disposition lors des sessions à l’université ainsi qu’un accès à un serveur dédié. Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :

• d’échanger des fichiers, des données ;
• de partager des ressources, des informations ;
• de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation (plateforme Tchap)

Les stagiaires bénéficient d'un accès aux ressources de calcul de la plateforme IPOP-UP de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB-core) et du serveur d'enseignement Plasma.

L’enseignement est en français, avec de nombreux supports de cours en anglais

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS

Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.

À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.