Type de diplôme : Formation qualifiante

Formation Qualifiante - Analyse de Données Interactives et Visualisation avec Jupyter Notebook

Domaine : Sciences, Technologies, Santé

  • Voir la page en français
  • Durée

    2 jours
  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

Les notebooks Jupyter sont des environnements informatiques interactifs exécutés dans un navigateur Web, qui permettent une intégration facile avec des bibliothèques scientifiques d’apprentissage, de deeplearning, data-mining, classification et de visualisation. Ils offrent des gains de productivité significatifs dans les domaines liés à l’analyse de données. Les notebooks Jupyter sont utilisés de plus en plus fréquemment dans le cadre de publications scientifiques, de part leur format ouvert et reproductible.

D’un point de vue pédagogique, les notebooks Jupyter sont devenus des outils précieux pour de nombreux cours en analyse de données, bio-informatiques et informatiques.

Nous proposons, par le biais de la plate-forme RPBS, une formation à l'intention des biologistes possédant des bases en programmation et souhaitant maîtriser un des outils les plus polyvalents du moment.

Objectifs

Les notebooks Jupyter permettent aux scientifiques d'interagir avec des outils informatiques, du code et des données via un navigateur Web. Les notebooks Jupyter peuvent être utilisés avec n'importe quel langage de programmation et peuvent également s'intégrer aux outils de ligne de commande.

Ce cours vise à :

- présenter aux participants Jupyter et les technologies associées;

- contribuer à améliorer la productivité de la recherche quotidienne;

- enseigner à une classe;

- adapter la recherche aux principes de données FAIR (trouvable, accessible, interopérable, réutilisable)

Savoir-faire et compétences

- Comprendre les applications potentielles des notebooks Jupyter

- Faciliter la recherche quotidienne via Jupyter

- Analyser et visualiser des données interactives

- Publier des recherches scientifiques de manière reproductible

- Faciliter la collaboration et l’enseignement

Public(s) cible(s)

  • Salarié - Profession libérale
  • Demandeur d'emploi
  • Étudiant

Capacité d'accueil

15 personnes

Modalité(s) de formation

  • Formation continue

Rythme de la formationCours en semaine (journée)

14 heures

Lieu d'enseignement

Programme

Organisation de la formation

Jour 1

9.30 – 12.00: Introduction à Jupyter

- Pourquoi Jupyter? Les avantages et les inconvénients de l'informatique interactive

- Comment Jupyter fonctionne t-il avec n'importe quel langage de programmation, pas seulement Python ?

- Explication du fonctionnement de l'interface du navigateur et de l'exécution des cahiers Jupyter

- Exemples de cahiers Jupyter (Python, R, C ++, Fortran) et intégration à la ligne de commande

- Expérience pratique de l'exécution de commandes et de cellules de cahiers simples

 

Déjeuner (12.00 – 13.00)

 

13.00 – 17.30: Intégration de Jupyter dans vos recherches quotidiennes (session pratique)

- Intégration pratique de Jupyter aux outils de calcul existants. Les participants sont invités à apporter leurs propres scripts, programmes et données

- Génération rapide de graphiques simples

- Intégration de plusieurs langages de programmation et démarquage dans le même cahier

 

Jour 2

9.00 – 11.30: Jupyter et analyse de données interactives (session pratique)

- Analyse interactive de données à l'aide de bibliothèques scientifiques Python (Numpy, Scipy)

- Bibliothèques pour visualiser et tracer (matplotlib, vega-lite, nglview, ggplot)

- Des widgets interactifs pour contrôler l'analyse et la visualisation en temps réel

 

11.30 – 12.30: Jupyter pour la publication et l'enseignement

- Explication des principes FAIR

- Utiliser des cahiers comme publications scientifiques

- Lancer Jupyter de n’importe où, en utilisant simplement un navigateur

- Exemples de cahiers Jupyter dans des publications de recherche existantes

- Démonstration de l'utilisation de Jupyter dans l'enseignement

 

Déjeuner (12.30 – 13.30)

 

13.30 – 17.00: Science reproductible et collaborative (session pratique)

- Utilisation de Jupyter avec des référentiels de données

- Utiliser Jupyter avec Github

- Utiliser Jupyter avec Docker (repo2docker, binder)

- Introduction à Jupyterlab

Admission

Ingénieurs, techniciens, chercheurs des entreprises et collectivités dans des domaines à l’interface de l’informatique (bio-informatique, biostatistiques, traitement du signal) et portant sur l’analyse de données.

Pré-requis

La maîtrise d'au moins un langage de programmation (Python, R, Fortran, C, …) est requise. Une bonne connaissance des commandes UNIX est vivement recommandée.

Droits de scolarité

Financement individuel: 500 €

Financement tiers: 1.000 €

 

Contact(s)

Composante(s)

Lieu(x) de la formation

  • Campus des Grands Moulins (site Paris Rive Gauche)

Contact(s) administratif(s)

  • Reine Rigault

    Gestionnaire Formation professionnelle

    UFR Sciences du Vivant Bâtiment Buffon4, rue M-A Lagroua Weill-Hallé75013 ParisTél : 0157278234

    Email : fcsdv @ u-paris.fr

Contact(s) Formation Continue

  • Reine Rigault

    Gestionnaire Formation professionnelle

    UFR Sciences du Vivant Bâtiment Buffon4, rue M-A Lagroua Weill-Hallé75013 ParisTél : 0157278234

    Email : fcsdv @ u-paris.fr

A lire aussi

Formation | Université de Paris
Une nouvelle piste possible pour expliquer les cas graves de la Covid-19

Dans la lutte contre la Covid-19, la compréhension des mécanismes menant à des formes graves de la maladie est un enjeu majeur. Si de nombreuses pistes sont actuellement explorées, des chercheurs d’Université de Paris, de Sorbonne Université, de l’Inserm et du CNRS, ont émis une hypothèse originale, selon laquelle une altération des défenses antioxydantes associée à une proportion anormalement élevée de neutrophiles (globules blancs) expliquerait l’évolution de la maladie vers ses formes les plus graves. Cette hypothèse en cours de validation a fait l’objet d’une publication dans la revue Nature Reviews Immunology le 10 août dernier.

Formation | Université de Paris
Nouveau ! L’espace Carrière des étudiants

Université de Paris se dote d’une nouvelle plateforme d’aide à l’insertion professionnelle, en partenariat avec JobTeaser.

Formation | Université de Paris
Les BU rouvrent leurs portes

Les bibliothèques Grands-Moulins, Sciences, Bichat, Cochin, Cordeliers, Necker,  Villemin, Montrouge, Garancière, BIU Santé – Médecine, BIU Santé – Pharmacie, Jeanne-Chauvin, Henri-Piéron, SHS et STAPS vous accueillent dans le respect des consignes sanitaires en vigueur à Université de Paris.

Formation | Université de Paris
[Mesures sanitaires] Pour une rentrée en toute sécurité

Dans le cadre de la lutte contre la pandémie Covid-19, Université de Paris met en place des mesures sanitaires pour vous permettre d’aborder la rentrée dans un contexte sûr et de protéger la santé de toutes et tous.

Logo

Contact

85 boulevard Saint-Germain 75006 Paris
(33) (0)1 57 27 90 00