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TYPE DE DIPLOME : Formation qualifiante

FQ Bioinformatique structurale 1 : modélisation moléculaire

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
Spécialité : Bioinformatique
  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

Objectifs

Connaissance des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.

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Compétences visées

Connaissance des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.

Application des méthodes directement sur les projets scientifiques des participants

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Programme

Partie théorique (2h par jour)

De la séquence à la structure :
Elaboration de modèles structuraux sur la base de structures connues de protéines homologues.

Principes de la modélisation par homologie

Rappels sur les familles de repliement protéique

Description des bases de données de structures : Protein Data Bank

Alignements de séquences et structures

Sélection des cibles structurales, construction des squelettes polypeptidiques, boucles et structures secondaires

Les chaînes latérales : description des conformations. Outils de construction

Optimisation des structures construites sur la base de critères énergétiques : notion de champ de force

Evaluation des modèles construits. Recommandations

Cas particulier des protéines membranaires : prédiction des segments transmembranaires

Partie pratique (5h par jour)

Sur des stations LINUX ou WINDOWS

Rappels d’utilisation des programmes d’analyse de séquence (le choix des différents programmes est essentiellement basé sur leur disponibilité et gratuité via Internet)

Initiation aux programmes de modélisation par homologie SwissPdbViewer, Modeller

Prédiction de la conformation des chaînes latérales

L’accent sera mis sur les limites des différentes approches et les précautions à  respecter dans le cadre de ces différents outils

 

Du 29 mars au 1 avril 2021

4 jours / 28 heures

1600 €

(TVA 0% incluse)

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Contrôle des connaissances

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXECUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRECIER LES RESULTATS:
Liste d’émargement
Questionnaire de satisfaction

MODALITES D’EVALUATION:
Attestation de formation délivrée par l’Université

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Aménagements particuliers

MOYENS PEDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT:

Ressources humaines :
Enseignant.e.s-chercheur.e.s de l’Université Paris Diderot

Ressources matérielles :
Supports pédagogiques format PDF sur clé USB

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Admission

Public cible

Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.


Conditions d’ouverture : 6 inscriptions minimum et 8 maximum.

 

 

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Pré-requis

Connaissance de base recommandée de l’environnement Unix/Linux.

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Droits de scolarité

1600 €

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Contacts

  • Reine Rigault

    Contact administratif
    • 01 57 27 82 34
    • fcsdv@u-paris.fr
  • Catherine Etchebest

    Coordinateur pédagogique
    • catherine.etchebest@u-paris.fr
  • Delphine Flatters

    Coordinateur pédagogique
    • delphine.flatters@u-paris.fr

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