Faculté
Faculté des Sciences
Présentation
Objectifs
Connaissance des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.
Compétences visées
Connaissance des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.
Application des méthodes directement sur les projets scientifiques des participants
Programme
Partie théorique (2h par jour)
De la séquence à la structure :
Elaboration de modèles structuraux sur la base de structures connues de protéines homologues.
Principes de la modélisation par homologie
Rappels sur les familles de repliement protéique
Description des bases de données de structures : Protein Data Bank
Alignements de séquences et structures
Sélection des cibles structurales, construction des squelettes polypeptidiques, boucles et structures secondaires
Les chaînes latérales : description des conformations. Outils de construction
Optimisation des structures construites sur la base de critères énergétiques : notion de champ de force
Evaluation des modèles construits. Recommandations
Cas particulier des protéines membranaires : prédiction des segments transmembranaires
Partie pratique (5h par jour)
Sur des stations LINUX ou WINDOWS
Rappels d’utilisation des programmes d’analyse de séquence (le choix des différents programmes est essentiellement basé sur leur disponibilité et gratuité via Internet)
Initiation aux programmes de modélisation par homologie SwissPdbViewer, Modeller
Prédiction de la conformation des chaînes latérales
L’accent sera mis sur les limites des différentes approches et les précautions à respecter dans le cadre de ces différents outils
Du 29 mars au 1 avril 2021
4 jours / 28 heures
1600 €
(TVA 0% incluse)
Contrôle des connaissances
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXECUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRECIER LES RESULTATS:
Liste d’émargement
Questionnaire de satisfaction
MODALITES D’EVALUATION:
Attestation de formation délivrée par l’Université
Aménagements particuliers
MOYENS PEDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT:
Ressources humaines :
Enseignant.e.s-chercheur.e.s de l’Université Paris Diderot
Ressources matérielles :
Supports pédagogiques format PDF sur clé USB
Admission
Public cible
Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.
Conditions d’ouverture : 6 inscriptions minimum et 8 maximum.
Pré-requis
Connaissance de base recommandée de l’environnement Unix/Linux.
Droits de scolarité
1600 €
Contacts
Reine Rigault
Contact administratif- 01 57 27 82 34
- fcsdv@u-paris.fr
Catherine Etchebest
Coordinateur pédagogique- catherine.etchebest@u-paris.fr
Delphine Flatters
Coordinateur pédagogique- delphine.flatters@u-paris.fr
