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TYPE DE DIPLOME : Formation qualifiante

FQ PCR quantitative en temps réel

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
Spécialité : Biologie
  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

Objectifs

Comprendre la théorie de la PCR quantitative en temps réel afin de pouvoir l’appliquer à une étude transcriptomique : calcul du niveau d’expression d’un gène (ARNm) par différentes façons. Normalisation des résultats par le(s) « bon(s) » gène(s) non régulé(s) par l’expérience, comment le(s) choisir de façon mathématique (geNorm) . Le but de cette formation est de donner toutes les clefs pour réaliser cette étude : depuis l’extraction des ARN (théorie et pratique), la Transcription Inverse (théorie), jusqu’à l’exploitation critique des résultats par différentes approches (quantification absolue versus quantification relative), en passant par la recherche de séquence nucléotidique des gènes et le design des amorces spécifiques . Les différentes chimies de détection seront abordées à savoir les fluorophores (SYBR Green I), les sondes d’hydrolyse (Taqman, 3’MGB, UPL) et les sondes d’hybridation (Beacon, Scorpio, FRET).

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Compétences visées

Connaissance des bases théoriques et pratiques de la RT PCRq, choix des amorces, application transcriptomique : étude de l’expression des gènes, de la conception expérimentale à l’analyse critique des résultats

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Programme

PARTIE THÉORIQUE (10H)

- PCR en temps réel quantitative : principes et applications

- Exemples d’applications : quantification d’ARNm

- Normalisation du niveau des transcripts par un gène de référence : méthode mathématique pour choisir le « bon » gène de référence, choix crucial pour les résultats

- Quantification relative et quantification absolue

- Choix et calcul des amorces oligonucléotidiques

- Les différents types de chimie : SYBR Green I, Taqman, FRET, 3’MGB, Scorpio, Beacon, UPL…

- Principes de l’extraction des ARN (principe de base de Chomczynski et Sacci et principe des colonnes), étude de l’intégrité,

qualité et quantité des ARN. Théorie de la transcription inverse

PARTIE PRATIQUE (18H)

- PCR en temps réel quantitative : quantification du niveau d’expression de gènes

- Choix et design des amorces oligonucléotidiques : manuellement, à l’aide d’un logiciel et in silico

- Recherche de séquences nucléotidiques in silico

- Extraction d’ARN par un kit. Quantification, vérification de la qualité et de l’intégrité des ARN

 

Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique

 

Du 14 au 17 septembre 2020
28h - 4 jours

1650 € (TVA 0 %)

 

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Contrôle des connaissances

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE
L’EXÉCUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS:
Liste d’émargement et questionnaire de satisfaction


MODALITÉS D’ÉVALUATION
Attestation de formation délivrée par l’université

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Aménagements particuliers

MOYENS PEDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT
Alternance de cours théoriques suivi de l’application pratique. Le déroulement de la formation est adaptée au profil des participant.e.s.
Poly format papier . Résultats et poly format PDF sur clef USB.
Kit Rneasy mini QIAGEN (extraction d’ARN), Gel Electrophorèse et/ou BioAnalyzer2100 AGILENT (analyse des ARN, integrité), LightCycler 480 et/ou 1.5 Capillaire (PCRq), site NCBI (recherche de sequence), Oligo 6.0 (design de primer), Blast (recherche d’holomogie)

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Admission

Public cible

Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.
Conditions d’ouverture : 6 inscriptions minimum et 12 maximum

 

 

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Pré-requis

Connaissance des principes de la PCR classique

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Droits de scolarité

1650 €

Durée de la formation:

Du 13 au 16 septembre 2021

28 heures

4 jours

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Contacts

  • Reine RIGAULT

    Contact administratif
    • 01 57 27 82 34
    • reine.rigault@u-paris.fr

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