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TYPE DE DIPLOME : Formation qualifiante

FQ Programmation pour les biologistes : Python 1

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
Spécialité : Programmation ; Biologie
  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

Objectifs

Former des biologistes au langage de programmation Python. Celui-ci est très utilisé en bioinformatique et permet de rationaliser l’analyse de données.

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Compétences visées

Connaissance des concepts de programmation à travers le langage Python (variables, tests, boucles, fonctions, scripts, etc). Développement de scripts basiques et notions d’algorithmie.
Manipulation des formats de données usuels en Biologie (extraction d’informations dans de grosses masses de données et conversion de format).

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Programme

Partie théorique (3h30 par jour)

• Généralités sur PYTHON, notion d’algorithme, introduction au langage : différents types de variables, écriture formatée, boucles, tests, gestion des entrées /sorties avec les fichiers, fonctions, parsing en PYTHON.

La formation sera appuyée par de nombreux exemples comme le travail sur des séquences nucléiques, l'automatisation de calculs sur des génomes, l'analyse de structures protéiques, etc.

 

Partie pratique (3h30 par jour)

• La partie pratique se déroule en salle informatique et consiste à réaliser toute une série d’exercices de difficulté croissante. La majorité de ces exercices seront appliqués au traitement de données biologiques (fichiers genbank, PDB, etc).

L’accent sera mis sur la pratique, applicable immédiatement pour traiter un problème en biologie/bioinformatique.

Les notions informatiques telles que la conception d’algorithme pour résoudre un problème et la syntaxe du langage seront introduites au fur et à mesure.

 

Du 20 au 24 avril 2020

5 jours / 35 heures

2250 €

(TVA 0% incluse)

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Contrôle des connaissances

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXECUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRECIER LES RESULTATS:
Liste d’émargement
Questionnaire de satisfaction

MODALITES D’EVALUATION:
Attestation de formation délivrée par l’Université

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Aménagements particuliers

MOYENS PEDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT:

Ressources humaines :
Enseignant.e.s-chercheur.e.s de l’Université Paris Diderot

Ressources matérielles :
Les cours pratiques seront réalisés en salles informatique sur des
machines Linux de l’UFR Sciences du Vivant.
Supports pédagogiques format PDF sur clé USB

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Admission

Public cible

Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheu.r.se.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.


Conditions d’ouverture : 6 minimum et 8 maximum.

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Pré-requis

Connaissances de base en informatique (notions d’arborescence, répertoire, fichier, types de fichier, etc).

Maîtriser l’usage d’un éditeur de texte (exemple : notepad++) et d’un navigateur internet.

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Droits de scolarité

2250 €

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Contacts

  • Reine RIGAULT

    Contact administratif
    • 01 57 27 82 34
    • reine.rigault@u-paris.fr

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