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TYPE DE DIPLOME : Formation qualifiante

FQ Séquençage haut débit : principes et exemples d'applications

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
Spécialité : Biologie ; Bioinformatique
  • Faculté

    Faculté des Sciences

  • Langue des enseignements

    Français

Présentation

Référence de la formation à rappeler dans toutes correspondance : FQ-S30FQSEQ

Responsable de l'enseignement : Dr Guillaume Velasco

Forme de l'enseignement: Présentiel et/ou distanciel, en fonction des dispositions sanitaires.

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Objectifs

Compréhension des principes de fonctionnement des technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications.

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Compétences visées

Des cours théoriques et des démonstrations sur ordinateurs permettront aux participant.e.s :

- De prendre connaissance des procédures expérimentales du séquençage haut débit (appareillage, préparation des échantillons biologiques, etc.) ainsi que des prérequis nécessaires à la mise en place d’une plate-forme de séquençage.

- De prendre connaissance des différents aspects de l’analyse bioinformatique des données (définitions, différents formats de fichiers, exemples d’outils constructeurs disponibles).

- De se familiariser à l’utilisation de Galaxy pour l'analyse de données "omiques" dans le domaine biomédical.

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Programme

Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ

Volume horaire : 15 heures (sur 2 jours et demi)

Calendrier : du 1er au 3 juin 2021

 

CONTENUS PÉDAGOGIQUES

Jour 1 (6h)

  1. Présentation de la formation par G. Velasco (1h)
  2. Méthodes de séquençage HTS (2h)
  3. Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications
  4. Préparation du matériel biologique I (1h)
  5. Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.
  6. Préparation du matériel biologique II (2h)
  7. Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.

Jour 2 (6h)

  1. Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS (1h30)
  2. Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
  3. Architecture d’un ordinateur (1h30)
  4. Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
  5. Appréhender l’analyse bioinformatique des données (1h30)
  6. Présentation de différents cas d’études.
  7. Initiation à Galaxy (I, 1h30)
  8. Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.

Jour 3 (3h)

  1. Initiation à Galaxy (II, 1h30)
  2. Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
  3. Table ronde, bilan et discussions entre les participants (1h30).
  4. Discussions scientifiques et retours de la formation animés par G. Velasco

 

MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D'ENCADREMENT:

Équipe pédagogique

  • Responsable pédagogique : Dr Guillaume Velasco, MCU Université de Paris, spécialisé en épigénétique
  • Dr Christine Bole, responsable de la plateforme de génomique à l’Institut des maladies génétiques Imagine
  • Dr Jean Charles Cadoret, MCU Université de Paris, spécialisé en génomique fonctionnelle
  • Dr Valérie Caro, responsable du pôle de génotypage des pathogènes
  • Dr Mathias Vandehbogaert, spécialisé en analyse de données omiques

 

Ressources matérielles : Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :

  • d'échanger des fichiers, des données
  • de partager des ressources, des informations
  • de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.

 

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS:

Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.

À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.

Un questionnaire d’évaluation à froid est également envoyé au prescripteur de la formation (sous 6 mois), afin d’assurer un suivi sur l’impact de la formation sur le poste de travail.

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Aménagements particuliers

Admission

Public cible

  • Technicien.ne.s, ingénieur.e.s
  • Chercheur.e.s en biologie expérimentale
  • Entreprises et collectivités dans les domaines des sciences du vivant.


Conditions d’ouverture :  6 inscriptions minimum et 15 maximum.

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Pré-requis

Connaissance des techniques de biologie moléculaire classiquement utilisées en laboratoire de biologie expérimentale.

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Modalités de candidature

Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ

Contacter Reine Rigault :  fcsdv @ u-paris.fr (fcsdv @ u-paris.fr)

 UFR Sciences du Vivant Bâtiment Buffon
4, rue M-A Lagroua Weill-Hallé - 75013 Paris

Tél : 01 57 27 82 34

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Droits de scolarité

FRAIS DE FORMATION* selon votre profil

  • Pour toute personne bénéficiant d’une prise en charge totale ou partielle : 850 €
  • Pour toute personne finançant seule sa formation : 638 €

*Les tarifs des frais de formation et des frais de dossier sont sous réserve de modification par les instances de l’Université.

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Et après ?

Poursuite d'études

Vous pouvez toujours compéter ou acquérir de nouvelles compétences en vous inscrivant à d'autres diplômes d'université, des formations qualifiantes ou des séminaires.

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Contacts

  • Guillaume Velasco

    Correspondant pédagogique
    • guillaume.velasco@u-paris.fr
  • Reine RIGAULT

    Contact administratif
    • 01 57 27 82 34
    • reine.rigault@u-paris.fr

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