Durée
2 jours
Faculté
Faculté des Sciences
Présentation
IMPORTANT : PAS D'OUVERTURE DES INSCRIPTIONS EN 2024-2025
Responsable(s) pédagogique : Dr S.Murail
Forme de l'enseignement : en présentiel
Les notebooks Jupyter sont des environnements informatiques interactifs exécutés dans un navigateur Web, qui permettent une intégration facile avec des bibliothèques scientifiques d’apprentissage, de deeplearning, data-mining, classification et de visualisation. Ils offrent des gains de productivité significatifs dans les domaines liés à l’analyse de données. Les notebooks Jupyter sont utilisés de plus en plus fréquemment dans le cadre de publications scientifiques, de part leur format ouvert et reproductible.
D’un point de vue pédagogique, les notebooks Jupyter sont devenus des outils précieux pour de nombreux cours en analyse de données, bio-informatiques et informatiques.
Nous proposons, par le biais de la plate-forme RPBS, une formation à l'intention des biologistes possédant des bases en programmation et souhaitant maîtriser un des outils les plus polyvalents du moment.
Objectifs
Les notebooks Jupyter permettent aux scientifiques d'interagir avec des outils informatiques, du code et des données via un navigateur Web. Les notebooks Jupyter peuvent être utilisés avec n'importe quel langage de programmation et peuvent également s'intégrer aux outils de ligne de commande.
Ce cours vise à présenter aux participants Jupyter des technologies associées. Cela peut contribuer à améliorer la productivité de la recherche quotidienne, à enseigner à une classe d’étudiants et à adapter la recherche aux principes de données FAIT (trouvable, accessible, interopérable, réutilisable).
Compétences visées
A l’issue de la formation, l’apprenant est capable de :
- Appliquer Jupyter pour faciliter la recherche quotidienne
- Analyser et de visualiser des données interactives
- Utiliser Jupyter pour publier des recherches scientifiques de manière reproductible
- Utiliser Jupyter pour faciliter la collaboration et l’enseignement
Programme
Volume horaire : 14 heures
Calendrier :
Rythme : 2 jours
Lieu : Campus des Grands Moulins
CONTENUS PÉDAGOGIQUES:
- Jour 1
9.30 – 12.00: Introduction à Jupyter
- Pourquoi Jupyter? Les avantages et les inconvénients de l'informatique interactive
- Comment Jupyter fonctionne t-il avec n'importe quel langage de programmation, pas seulement Python ?
- Explication du fonctionnement de l'interface du navigateur et de l'exécution des cahiers Jupyter
- Exemples de cahiers Jupyter (Python, R, C ++, Fortran) et intégration à la ligne de commande
- Expérience pratique de l'exécution de commandes et de cellules de cahiers simples
Déjeuner (12.00 – 13.00)
13.00 – 17.30: Intégration de Jupyter dans vos recherches quotidiennes (session pratique)
- Intégration pratique de Jupyter aux outils de calcul existants. Les participants sont invités à apporter leurs propres scripts, programmes et données
- Génération rapide de graphiques simples
- Intégration de plusieurs langages de programmation et démarquage dans le même cahier
- Jour 2
9.00 – 11.30: Jupyter et analyse de données interactives (session pratique)
- Analyse interactive de données à l'aide de bibliothèques scientifiques Python (Numpy, Scipy)
- Bibliothèques pour visualiser et tracer (matplotlib, vega-lite, nglview, ggplot)
- Des widgets interactifs pour contrôler l'analyse et la visualisation en temps réel
11.30 – 12.30: Jupyter pour la publication et l'enseignement
- Explication des principes FAIR
- Utiliser des cahiers comme publications scientifiques
- Lancer Jupyter de n’importe où, en utilisant simplement un navigateur
- Exemples de cahiers Jupyter dans des publications de recherche existantes
- Démonstration de l'utilisation de Jupyter dans l'enseignement
Déjeuner (12.30 – 13.30)
13.30 – 17.00: Science reproductible et collaborative (session pratique)
- Utilisation de Jupyter avec des référentiels de données
- Utiliser Jupyter avec Github
- Utiliser Jupyter avec Docker (repo2docker, binder)
- Introduction à Jupyterlab
MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT:
Responsable pédagogique : Dr Samuel Murail
Coordinateur pédagogique: Dr Sjoerd Jacob de Vries
Ressources matérielles
Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :
- d'échanger des fichiers, des données
- de partager des ressources, des informations
- de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS
Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.
À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.
Contrôle des connaissances
Attestation : à l'issue de la formation, il est remis un certificat de réalisation, attestant de l'acquisition des compétences.
Aménagements particuliers
Admission
Public cible
- Ingénieurs,
- techniciens,
- chercheurs des entreprises et collectivités dans des domaines à l’interface de l’informatique (bio-informatique, biostatistiques, traitement du signal) et portant sur l’analyse de données.
Pré-requis
La maîtrise d'au moins un langage de programmation (Python, R, Fortran, C, …) est requise.
Attendus
Une bonne connaissance des commandes UNIX est vivement recommandée.
Les clefs de la réussite
Des fiches pratiques sont à votre disposition sur la page http://www.reussir-en-universite.fr/index.html.
Modalités de candidature
IMPORTANT : PAS D'OUVERTURE DES INSCRIPTIONS EN 2024-2025
Contacter Reine RIGAULT pour les inscriptions:
reine.rigault@u-paris.fr
Droits de scolarité
- Pour toute personne bénéficiant d’une prise en charge totale ou partielle : 1000 €
- Pour toute personne finançant seule sa formation : 500 €
Et après ?
Poursuite d'études
Vous pouvez toujours compléter ou acquérir de nouvelles compétences en vous inscrivant à d'autres diplômes d'université, des formations qualifiantes ou des séminaires.
Contacts
Dernière mise à jour le 1 octobre 2025
A lire aussi
Du 6 au 17 juillet 2026, l’UFR de Médecine de l’Université Paris Cité accueillera à Paris plus de 70 étudiantes et étudiants internationaux de 20 nationalités différentes à l’occasion de ses premières écoles d’été internationales. S’inscrivant pleinement dans la dynamique Choose France, cette initiative incarne l’ambition du pays de devenir une destination de référence en santé, au cœur d’un écosystème unique associant excellence hospitalo-universitaire, recherche de pointe, intelligence artificielle, santé numérique et innovation pédagogique.
La Graduate School* Sustainability, Organisations & Institutions a offert aux trois lauréates et lauréats de son Prix du meilleur mémoire 2025 l’opportunité de participer au Sommet international Désertif’actions, « Résilience des territoires face aux crises », organisé à Djerba. L’objectif ? Élaborer un plaidoyer fondé sur des solutions concrètes, en vue d’influencer les décisions de la COP17 de l’ONU sur la lutte contre la désertification. Luna Colovray, 3e prix du meilleur mémoire et aujourd’hui doctorante en géographie, revient sur cette expérience marquante de son parcours en Graduate School au sein d’UPCité.
La Graduate School Cardiovascular Sciences élargit son périmètre en intégrant l’hématologie et devient la Graduate School Cardiovascular & Blood Sciences (CVBS), dédiée aux sciences cardiovasculaires et au sang. Par cette évolution, l’Université Paris Cité renforce son ambition en santé globale et propose un pôle d’excellence unique en Europe, fondé sur une approche décloisonnée du système circulatoire, considéré non plus comme une simple mécanique, mais comme un écosystème dynamique où le cœur, les vaisseaux et le sang interagissent constamment.
Dans le cadre de ses actions en faveur de la formation et de l’ouverture à l’international, le laboratoire NABI, via la plateforme IVETh dirigée par Florence Gazeau, organise les 16 et 17 avril une série de cours en distanciel dédiés à la production, à la purification et à la caractérisation des vésicules extracellulaires.
