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TYPE DE DIPLOME : Formation qualifiante

FQ PCR quantitative en temps réel

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
Spécialité : Biologie
  • Durée

    28 heures (4 jours)

  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

Référence formation: FQ-S30FQPCR

Responsable(s) pédagogique : N. Kassis et Pr Mireille Viguier

Forme de l'enseignement : en présentiel

4 personnes formées sur les 5 dernières années

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Objectifs

  • Comprendre la théorie de la PCR quantitative en temps réel afin de pouvoir l’appliquer à une étude transcriptomique : calcul du niveau d’expression d’un gène (ARNm) par différentes façons.
  • Normaliser des résultats par le(s) « bon(s) » gène(s) non régulé(s) par l’expérience, comment le(s) choisir de façon mathématique (geNorm) .
  • Donner toutes les clefs pour réaliser cette étude : depuis l’extraction des ARN (théorie et pratique), la Transcription Inverse (théorie), jusqu’à l’exploitation critique des résultats par différentes approches (quantification absolue versus quantification relative), en passant par la recherche de séquence nucléotidique des gènes et le design des amorces spécifiques .
  • Examiner les fluorophores (SYBR Green I), les sondes d’hydrolyse (Taqman, 3’MGB, UPL) et les sondes d’hybridation (Beacon, Scorpio, FRET).
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Compétences visées

Connaissance des bases théoriques et pratiques de la RT PCRq, choix des amorces, application transcriptomique : étude de l’expression des gènes, de la conception expérimentale à l’analyse critique des résultats

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Programme

Référence formation : FQ-S30FQPCR

Volume horaire : 28 heures

Calendrier : Du 12 au 15 septembre 2022

Rythme : 4 jours

Lieu : Campus des Grands Moulins

CONTENUS PÉDAGOGIQUES:

Alternance de cours théoriques suivi de l’application pratique. Le déroulement de la formation est adaptée au profil des participant.e.s.
Poly format papier . Résultats et poly format PDF sur clef USB.
Kit Rneasy mini QIAGEN (extraction d’ARN), Gel Electrophorèse et/ou BioAnalyzer2100 AGILENT (analyse des ARN, integrité), LightCycler 480 et/ou 1.5 Capillaire (PCRq), site NCBI (recherche de sequence), Oligo 6.0 (design de primer), Blast (recherche d’holomogie)

PARTIE THÉORIQUE (10H)

- PCR en temps réel quantitative : principes et applications

- Exemples d’applications : quantification d’ARNm

- Normalisation du niveau des transcripts par un gène de référence : méthode mathématique pour choisir le « bon » gène de référence, choix crucial pour les résultats

- Quantification relative et quantification absolue

- Choix et calcul des amorces oligonucléotidiques

- Les différents types de chimie : SYBR Green I, Taqman, FRET, 3’MGB, Scorpio, Beacon, UPL…

- Principes de l’extraction des ARN (principe de base de Chomczynski et Sacci et principe des colonnes), étude de l’intégrité,

qualité et quantité des ARN. Théorie de la transcription inverse

PARTIE PRATIQUE (18H)

- PCR en temps réel quantitative : quantification du niveau d’expression de gènes

- Choix et design des amorces oligonucléotidiques : manuellement, à l’aide d’un logiciel et in silico

- Recherche de séquences nucléotidiques in silico

- Extraction d’ARN par un kit. Quantification, vérification de la qualité et de l’intégrité des ARN

Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique

MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT

Responsable pédagogique : N.Kassis, Pr M.Viguier

Ressources matérielles

Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :

  • d'échanger des fichiers, des données
  • de partager des ressources, des informations
  • de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS

Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.

À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.

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Contrôle des connaissances

Attestation : à l'issue de la formation, il est remis un certificat de réalisation, attestant de l'acquisition des compétences. 

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Aménagements particuliers

Université de Paris s’engage pour un accueil et un accompagnement personnalisé des personnes en situation de handicap, tout au long de leur parcours de formation.

Pour plus d’informations sur les modalités et pour avoir le contact de votre interlocuteur, veuillez cliquer ici.

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Admission

Public cible

  • Technicien.ne.s
  • Ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.

 

 

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Pré-requis

Connaissance des principes de la PCR classique

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Les clefs de la réussite

Des fiches pratiques sont à votre disposition sur la page http://www.reussir-en-universite.fr/index.html

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Modalités de candidature

Contacter Reine RIGAULT pour les inscriptions:

reine.rigault@u-paris.fr

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Droits de scolarité

1650 €

 

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Contacts

  • Reine RIGAULT

    Contact administratif
    • 01 57 27 82 34
    • reine.rigault @ u-paris.fr
  • Mireille Viguier

    Coordinateur pédagogique
    • mireille.viguier @ u-paris.fr

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