Durée
28 heures (4 jours)
Faculté
Faculté des Sciences
Présentation
IMPORTANT : PAS D'OUVERTURE DES INSCRIPTIONS EN 2023-2024. NOUS RECONTACTER POUR 2024-2025
Référence formation: FQ-S30FQPCR
Responsable(s) pédagogique : N. Kassis et Pr Mireille Viguier
Forme de l'enseignement : en présentiel
4 personnes formées sur les 5 dernières années
Objectifs
- Comprendre la théorie de la PCR quantitative en temps réel afin de pouvoir l’appliquer à une étude transcriptomique : calcul du niveau d’expression d’un gène (ARNm) par différentes façons.
- Normaliser des résultats par le(s) « bon(s) » gène(s) non régulé(s) par l’expérience, comment le(s) choisir de façon mathématique (geNorm) .
- Donner toutes les clefs pour réaliser cette étude : depuis l’extraction des ARN (théorie et pratique), la Transcription Inverse (théorie), jusqu’à l’exploitation critique des résultats par différentes approches (quantification absolue versus quantification relative), en passant par la recherche de séquence nucléotidique des gènes et le design des amorces spécifiques .
- Examiner les fluorophores (SYBR Green I), les sondes d’hydrolyse (Taqman, 3’MGB, UPL) et les sondes d’hybridation (Beacon, Scorpio, FRET).
Compétences visées
Connaissance des bases théoriques et pratiques de la RT PCRq, choix des amorces, application transcriptomique : étude de l’expression des gènes, de la conception expérimentale à l’analyse critique des résultats
Programme
Référence formation : FQ-S30FQPCR
Volume horaire : 28 heures
Calendrier : Du 12 au 15 septembre 2022
Rythme : 4 jours
Lieu : Campus des Grands Moulins
CONTENUS PÉDAGOGIQUES:
Alternance de cours théoriques suivi de l’application pratique. Le déroulement de la formation est adaptée au profil des participant.e.s.
Poly format papier . Résultats et poly format PDF sur clef USB.
Kit Rneasy mini QIAGEN (extraction d’ARN), Gel Electrophorèse et/ou BioAnalyzer2100 AGILENT (analyse des ARN, integrité), LightCycler 480 et/ou 1.5 Capillaire (PCRq), site NCBI (recherche de sequence), Oligo 6.0 (design de primer), Blast (recherche d’holomogie)
PARTIE THÉORIQUE (10H)
- PCR en temps réel quantitative : principes et applications
- Exemples d’applications : quantification d’ARNm
- Normalisation du niveau des transcripts par un gène de référence : méthode mathématique pour choisir le « bon » gène de référence, choix crucial pour les résultats
- Quantification relative et quantification absolue
- Choix et calcul des amorces oligonucléotidiques
- Les différents types de chimie : SYBR Green I, Taqman, FRET, 3’MGB, Scorpio, Beacon, UPL…
- Principes de l’extraction des ARN (principe de base de Chomczynski et Sacci et principe des colonnes), étude de l’intégrité,
qualité et quantité des ARN. Théorie de la transcription inverse
PARTIE PRATIQUE (18H)
- PCR en temps réel quantitative : quantification du niveau d’expression de gènes
- Choix et design des amorces oligonucléotidiques : manuellement, à l’aide d’un logiciel et in silico
- Recherche de séquences nucléotidiques in silico
- Extraction d’ARN par un kit. Quantification, vérification de la qualité et de l’intégrité des ARN
Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique
MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT
Responsable pédagogique : N.Kassis, Pr M.Viguier
Ressources matérielles
Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :
- d'échanger des fichiers, des données
- de partager des ressources, des informations
- de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS
Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.
À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.
Contrôle des connaissances
Attestation : à l'issue de la formation, il est remis un certificat de réalisation, attestant de l'acquisition des compétences.
Aménagements particuliers
Admission
Public cible
- Technicien.ne.s
- Ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.
Pré-requis
Connaissance des principes de la PCR classique
Les clefs de la réussite
Des fiches pratiques sont à votre disposition sur la page http://www.reussir-en-universite.fr/index.html
Modalités de candidature
Contacter Reine RIGAULT pour les inscriptions:
reine.rigault@u-paris.fr
Droits de scolarité
1650 €
Contacts
Dernière mise à jour le 22 janvier 2024
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