Durée
15 heures
Faculté
Faculté des Sciences
Présentation
Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ
Responsable de l'enseignement : Dr Guillaume Velasco
Forme de l'enseignement: Présentiel et/ou distanciel, en fonction des dispositions sanitaires.
44 personnes formées depuis les 5 dernières années
Objectifs
- Comprendre les principes de fonctionnement des technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications
- Maîtriser les principes technologique de séquençage de nouvelle génération
Compétences visées
Cette formation de 2.5 jours a pour but de vous familiariser avec toutes les technologies de séquençage de l'ADN ou de l'ARN qui sont devenues aujourd'hui incontournables dans votre domaine d'activité.
A l'issue de cette session vous serez capable de concevoir une approche omique adaptée à vos problématiques scientifiques, de la préparation des échantillons biologiques aux choix de la technologie de séquençage de l'ADN ou de l'ARN. De plus, cette formation vous permettra également de vous initier à l'analyse des données omiques de séquençage via l'interface Galaxy.
A l’issue de la formation, l’apprenant est capable de :
- Concevoir un protocole expérimentale basé sur l'utilisation de ces technologies
- Réaliser les premières étapes d'analyses de données omiques
- Interagir avec des responsables de plateformes de séquençage pour la conception de projets et l'analyse de vos données
Ils en parlent
« Intéressant pour comprendre les problèmes liés à la bioinformatique qui peuvent apparaitre, et mieux communiquer avec les bioinformaticiens. »
Programme
Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ
Volume horaire : 15 heures
Calendrier : Du 15 au 17 juin 2023
Rythme : 15 heures/ 2.5 jours
Lieu : Campus des Grands Moulins
CONTENUS PÉDAGOGIQUES:
- Jour 1 (6h):
- Présentation de la formation par G. Velasco (1h)
- Méthodes de séquençage HTS (2h)
- Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications
- Préparation du matériel biologique I (1h)
- Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.
- Préparation du matériel biologique II (2h)
- Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.
- Jour 2 (6h):
- Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS (1h30)
- Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
- Architecture d’un ordinateur (1h30)
- Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
- Appréhender l’analyse bioinformatique des données (1h30)
- Présentation de différents cas d’études.
- Initiation à Galaxy (I, 1h30)
- Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.
- Jour 3 (3h):
- Initiation à Galaxy (II, 1h30)
- Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
- Table ronde, bilan et discussions entre les participants (1h30).
- Discussions scientifiques et retours de la formation animés par G. Velasco
MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D'ENCADREMENT:
- Responsable pédagogique : Dr Guillaume Velasco, MCU Université de Paris, spécialisé en épigénétique
- Juliette Hamroune, Plateforme GENOMIC - Institut Cochin
- Dr Jean Charles Cadoret, MCU Université de Paris, spécialisé en génomique fonctionnelle
- Dr Valérie Caro, responsable du pôle de génotypage des pathogènes
- Dr Mathias Vandehbogaert, spécialisé en analyse de données omiques
Ressources matérielles
Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :
- d'échanger des fichiers, des données
- de partager des ressources, des informations
- de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS
Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.
À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.
Contrôle des connaissances
Attestation : à l'issue de la formation, il est remis un certificat de réalisation, attestant de l'acquisition des compétences.
Aménagements particuliers
Admission
Public cible
- Technicien.ne.s, ingénieur.e.s
- Chercheur.e.s en biologie expérimentale
- Entreprises et collectivités dans les domaines des sciences du vivant.
Conditions d'admission
L'entrée en formation nécessite un avis pédagogique, après examen de :
- votre Curriculum Vitae
- votre lettre de motivation pour participer à la formation
- vos diplômes vous permettant de justifier l'accès à la formation
Pré-requis
Connaissance des techniques de biologie moléculaire classiquement utilisées en laboratoire de biologie expérimentale.
Les clefs de la réussite
Des fiches pratiques sont à votre disposition sur la page http://www.reussir-en-universite.fr/index.html.
Modalités de candidature
Contacter Reine Rigault : reine.rigault@u-paris.fr (fcsdv @ u-paris.fr)
Droits de scolarité
FRAIS DE FORMATION* selon votre profil
- Pour toute personne bénéficiant d’une prise en charge totale ou partielle : 850 €
- Pour toute personne finançant seule sa formation : 638 €
*Les frais de formation sont sous réserve de modification par les instances de l’Université.
Et après ?
Poursuites d'études
Vous pouvez toujours compéter ou acquérir de nouvelles compétences en vous inscrivant à d'autres diplômes d'université, des formations qualifiantes ou des séminaires.
Contacts
Dernière mise à jour le 2 mars 2023
