Durée
15 heures
Faculté
Faculté des Sciences
Présentation
Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ
Responsable de l'enseignement : Dr Guillaume Velasco
Forme de l'enseignement: Présentiel et/ou distanciel, en fonction des dispositions sanitaires.
44 personnes formées depuis les 5 dernières années
Objectifs
- Comprendre les principes de fonctionnement des technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications.
Compétences visées
Des cours théoriques et des démonstrations sur ordinateurs permettront aux participant.e.s :
- De prendre connaissance des procédures expérimentales du séquençage haut débit (appareillage, préparation des échantillons biologiques, etc.) ainsi que des prérequis nécessaires à la mise en place d’une plate-forme de séquençage.
- De prendre connaissance des différents aspects de l’analyse bioinformatique des données (définitions, différents formats de fichiers, exemples d’outils constructeurs disponibles).
- De se familiariser à l’utilisation de Galaxy pour l'analyse de données "omiques" dans le domaine biomédical.
Ils en parlent
« Intéressant pour comprendre les problèmes liés à la bioinformatique qui peuvent apparaitre, et mieux communiquer avec les bioinformaticiens. »
Programme
Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ
Volume horaire : 15 heures
Calendrier : Du 31 mai au 2 juin 2022
Rythme : Sur 2.5 jours
Lieu : Campus des Grands Moulins
CONTENUS PÉDAGOGIQUES:
- Jour 1 (6h):
- Présentation de la formation par G. Velasco (1h)
- Méthodes de séquençage HTS (2h)
- Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications
- Préparation du matériel biologique I (1h)
- Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.
- Préparation du matériel biologique II (2h)
- Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.
- Jour 2 (6h):
- Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS (1h30)
- Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
- Architecture d’un ordinateur (1h30)
- Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
- Appréhender l’analyse bioinformatique des données (1h30)
- Présentation de différents cas d’études.
- Initiation à Galaxy (I, 1h30)
- Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.
- Jour 3 (3h):
- Initiation à Galaxy (II, 1h30)
- Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
- Table ronde, bilan et discussions entre les participants (1h30).
- Discussions scientifiques et retours de la formation animés par G. Velasco
MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D'ENCADREMENT:
- Responsable pédagogique : Dr Guillaume Velasco, MCU Université de Paris, spécialisé en épigénétique
- Dr Christine Bole, responsable de la plateforme de génomique à l’Institut des maladies génétiques Imagine
- Dr Jean Charles Cadoret, MCU Université de Paris, spécialisé en génomique fonctionnelle
- Dr Valérie Caro, responsable du pôle de génotypage des pathogènes
- Dr Mathias Vandehbogaert, spécialisé en analyse de données omiques
Ressources matérielles
Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :
- d'échanger des fichiers, des données
- de partager des ressources, des informations
- de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS
Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.
À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.
Contrôle des connaissances
Attestation : à l'issue de la formation, il est remis un certificat de réalisation, attestant de l'acquisition des compétences.
Aménagements particuliers
Admission
Public cible
- Technicien.ne.s, ingénieur.e.s
- Chercheur.e.s en biologie expérimentale
- Entreprises et collectivités dans les domaines des sciences du vivant.
Conditions d’ouverture : 6 inscriptions minimum et 15 maximum.
Pré-requis
Connaissance des techniques de biologie moléculaire classiquement utilisées en laboratoire de biologie expérimentale.
Les clefs de la réussite
Des fiches pratiques sont à votre disposition sur la page http://www.reussir-en-universite.fr/index.html.
Modalités de candidature
Contacter Reine Rigault : reine.rigault@u-paris.fr (fcsdv @ u-paris.fr)
Droits de scolarité
FRAIS DE FORMATION* selon votre profil
- Pour toute personne bénéficiant d’une prise en charge totale ou partielle : 850 €
- Pour toute personne finançant seule sa formation : 638 €
*Les tarifs des frais de formation et des frais de dossier sont sous réserve de modification par les instances de l’Université.
Et après ?
Poursuite d'études
Vous pouvez toujours compéter ou acquérir de nouvelles compétences en vous inscrivant à d'autres diplômes d'université, des formations qualifiantes ou des séminaires.
Contacts
Dernière mise à jour le 7 juin 2022
A lire aussi
Le 8 juin dernier, la centaine d’étudiantes et d’étudiants inscrits à la première édition de l’UE transverse « Transition Écologique et Enjeux Sociétaux » ont présenté leurs travaux de sensibilisation à ces enjeux, lors de l’événement We Look Up sur le campus des Grands Moulins. Ils ont ainsi pu échanger avec d’autres personnes soucieuses des problématiques socio-écologiques. Retour en images sur cet événement..
En février dernier, Université Paris Cité a lancé un appel à projets Circle U. financé par le Programme d’investissements d’avenir (PIA). Cinq projets ont été sélectionnés par le Jury qui a salué la qualité des propositions reçues. Les projets impliquent huit des universités de l’alliance, et pour plusieurs, des partenaires associés et des étudiants au sein de l’équipe porteuse.
