• Votre sélection est vide.

    Enregistrez les diplômes, parcours ou enseignements de votre choix.

TYPE DE DIPLOME : Formation qualifiante

FQ Séquençage haut débit : principes et exemples d'applications

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
Spécialité : Biologie ; Bioinformatique
  • Durée

    15 heures

  • Faculté

    Faculté des Sciences

Présentation

Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ

Responsable de l'enseignement : Dr Guillaume Velasco

Forme de l'enseignement: Présentiel et/ou distanciel, en fonction des dispositions sanitaires.

44 personnes formées depuis les 5 dernières années

Lire plus

Objectifs

  • Comprendre les principes de fonctionnement des technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications.
Lire plus

Compétences visées

Des cours théoriques et des démonstrations sur ordinateurs permettront aux participant.e.s :

- De prendre connaissance des procédures expérimentales du séquençage haut débit (appareillage, préparation des échantillons biologiques, etc.) ainsi que des prérequis nécessaires à la mise en place d’une plate-forme de séquençage.

- De prendre connaissance des différents aspects de l’analyse bioinformatique des données (définitions, différents formats de fichiers, exemples d’outils constructeurs disponibles).

- De se familiariser à l’utilisation de Galaxy pour l'analyse de données "omiques" dans le domaine biomédical.

Lire plus

Ils en parlent

« Intéressant pour comprendre les problèmes liés à la bioinformatique qui peuvent apparaitre, et mieux communiquer avec les bioinformaticiens. »

Programme

Référence de la formation : FQ-S30FQSEQ

Volume horaire : 15 heures

Calendrier : Du 31 mai au 2 juin 2022

Rythme : Sur 2.5 jours

Lieu : Campus des Grands Moulins

CONTENUS PÉDAGOGIQUES:

  • Jour 1 (6h):
  • Présentation de la formation par G. Velasco (1h)
  • Méthodes de séquençage HTS (2h)
  • Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications
  • Préparation du matériel biologique I (1h)
  • Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.
  • Préparation du matériel biologique II (2h)
  • Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.
  • Jour 2 (6h):
  • Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS (1h30)
  • Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
  • Architecture d’un ordinateur (1h30)
  • Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
  • Appréhender l’analyse bioinformatique des données (1h30)
  • Présentation de différents cas d’études.
  • Initiation à Galaxy (I, 1h30)
  • Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.
  • Jour 3 (3h):
  • Initiation à Galaxy (II, 1h30)
  • Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
  • Table ronde, bilan et discussions entre les participants (1h30).
  • Discussions scientifiques et retours de la formation animés par G. Velasco

MOYENS PÉDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D'ENCADREMENT:

  • Responsable pédagogique : Dr Guillaume Velasco, MCU Université de Paris, spécialisé en épigénétique
  • Dr Christine Bole, responsable de la plateforme de génomique à l’Institut des maladies génétiques Imagine
  • Dr Jean Charles Cadoret, MCU Université de Paris, spécialisé en génomique fonctionnelle
  • Dr Valérie Caro, responsable du pôle de génotypage des pathogènes
  • Dr Mathias Vandehbogaert, spécialisé en analyse de données omiques

Ressources matérielles

Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :

  • d'échanger des fichiers, des données
  • de partager des ressources, des informations
  • de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.

MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS

Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.

À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.

Lire plus

Contrôle des connaissances

Attestation : à l'issue de la formation, il est remis un certificat de réalisation, attestant de l'acquisition des compétences.

Lire plus

Aménagements particuliers

Université de Paris s’engage pour un accueil et un accompagnement personnalisé des personnes en situation de handicap, tout au long de leur parcours de formation.

Pour plus d’informations sur les modalités et pour avoir le contact de votre interlocuteur, veuillez cliquer ici.

Lire plus

Admission

Public cible

  • Technicien.ne.s, ingénieur.e.s
  • Chercheur.e.s en biologie expérimentale
  • Entreprises et collectivités dans les domaines des sciences du vivant.

Conditions d’ouverture :  6 inscriptions minimum et 15 maximum.

Lire plus

Pré-requis

Connaissance des techniques de biologie moléculaire classiquement utilisées en laboratoire de biologie expérimentale.

Lire plus

Les clefs de la réussite

Des fiches pratiques sont à votre disposition sur la page http://www.reussir-en-universite.fr/index.html.

Lire plus

Modalités de candidature

Contacter Reine Rigault :  reine.rigault@u-paris.fr (fcsdv @ u-paris.fr)

 

Lire plus

Droits de scolarité

FRAIS DE FORMATION* selon votre profil

  • Pour toute personne bénéficiant d’une prise en charge totale ou partielle : 850 €
  • Pour toute personne finançant seule sa formation : 638 €

*Les tarifs des frais de formation et des frais de dossier sont sous réserve de modification par les instances de l’Université.

Lire plus

Et après ?

Poursuite d'études

Vous pouvez toujours compéter ou acquérir de nouvelles compétences en vous inscrivant à d'autres diplômes d'université, des formations qualifiantes ou des séminaires.

Lire plus

Contacts

  • Guillaume Velasco

    Correspondant pédagogique
    • guillaume.velasco @ u-paris.fr
  • Reine RIGAULT

    Contact administratif
    • 01 57 27 82 34
    • reine.rigault @ u-paris.fr

A lire aussi

Formation | Université Paris Cité
[Mesures sanitaires] Rappel des gestes barrières

Formation | Université Paris Cité
Certification en anglais : l’annulation du dispositif étendue aux Licences professionnelles

Formation | Université Paris Cité
Quand l’écologie anime la cour des Grands Moulins

Le 8 juin dernier, la centaine d’étudiantes et d’étudiants inscrits à la première édition de l’UE transverse « Transition Écologique et Enjeux Sociétaux » ont présenté leurs travaux de sensibilisation à ces enjeux, lors de l’événement We Look Up sur le campus des Grands Moulins. Ils ont ainsi pu échanger avec d’autres personnes soucieuses des problématiques socio-écologiques. Retour en images sur cet événement..

Formation | Université Paris Cité
Appel à projets Circle U., félicitations à nos 5 lauréats !

En février dernier, Université Paris Cité a lancé un appel à projets Circle U. financé par le Programme d’investissements d’avenir (PIA). Cinq projets ont été sélectionnés par le Jury qui a salué la qualité des propositions reçues. Les projets impliquent huit des universités de l’alliance, et pour plusieurs, des partenaires associés et des étudiants au sein de l’équipe porteuse.

  • Ajouter à la sélection

    Vous avez formations et cours sauvegardés