UE libre

L’étudiant trouve lui-même un laboratoire ou une entreprise qui l’accepte pour un minimum d'une semaine de stage à temps plein. Pendant cette période, il est initié à une thématique et/ou aux techniques utilisées dans un laboratoire ou une entreprise. Le stage est validé par la rédaction d’un mémoire et une soutenance orale.

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Après validation projet validé par l’enseignant référent, l’étudiant accomplira des missions au sein d’une association/structure

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Les étudiants réaliseront un travail de recherche personnel sur un sujet de leur choix portant sur les communautés microbiennes dans notre quotidien : production des fromages, vin, pain, flore du tube digestif, de la peau, carie dentaire, microorganismes extrêmophiles, biopesticides …
Des Travaux Pratiques portant sur les méthodes d’identification des microorganismes seront réalisés
- dénombrement des bactéries
- isolement et identification de bactéries: test de Gram, utilisation de milieu sélectif et de galeries API
- analyse microbiologique d’échantillon de l’eau de la Seine
- observation de microorganismes procaryotes
- détermination de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques
Pour les étudiants du L1S2, 2h de cours sur les spécificités des bactéries sera réalisée avant les TP.
Un TD sur le mode de déplacement des bactéries sera effectué.

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Stratégie pédagogique de classe inversée, cours intégrés (Mixte CM/TD/TP) et travail en ligne mettant en avant le travail personnel.
- Réalisation d’un billet de blog de vulgarisation scientifique
- Présentation orale et/ou vidéo
- Conférence de restitution publique

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Cours et TD:
- Introduction à la paléontologie
- Qu’est-ce qu’un fossile ?
Définition, formation d’un fossile (taphonomie) ; rôle fondamental en biostratigraphie ; apport de la géochimie
- L’histoire de la vie inscrite dans l’histoire de la Terre
Espèces fossiles ; rôle de la paléontologie en systématique et phylogénie ; diversifications et extinctions du vivant au cours des temps géologiques ; les cinq grandes extinctions
TP:
- Qu’est-ce qu’un fossile ? Taphonomie (1 séance 3h/groupe)
- Étude pratique de fossiles: qu’observe-t-on et quelles informations en tire-t-on ? (1 séance 3h/groupe)
- Visite de la galerie de paléontologie du Muséum National d’Histoire Naturelle (TP séance commune 3h)

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- Reproduction sexuée et asexuée et la notion de lignée germinale
- Parthénogenèse & hermaphrodisme
- Évolution des gamètes chez les animaux
- Reproduction en milieu aquatique et en milieu terrestre (fécondation interne, fécondation externe, oviparité, viviparité, comportements en reproduction)
- Influence du milieu (nourriture, climat, saison, phéromones)
- Spécialisation des systèmes de contrôles endocriniens.

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Cours :
1.- Intérêt de la pluridisciplinarité pour l’étude de l’entrée des éléments minéraux dans la biosphère.
- approche physiologique : mécanismes d’absorption des ions du sol
- approches biochimique et moléculaire : identification de transporteurs
- approches physiologique et moléculaire : expression des gènes de transporteurs
- approches génomique et génétique : étude de fonctions physiologiques complexes
2.- La phytoremédiation et dépollution
- les polluants
- les interactions polluants et environnement
- les méthodes de phytoremédiation
- les mécanismes biologiques
3.- Les biocarburants
- approche biotechnologique pour convertir la biomasse végétale en biocarburants
Travaux dirigés :
1.- Étude d’un transporteur
2.- Apport des biotechnologies pour la dépollution des sols
3. Présentations de thèmes

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Variables, boucles et tests.
Fonctions.
Modules classiques et spécifiques à la bio-informatique.
Bonnes pratiques de programmation.
Sensibilisation à la notion d’algorithme et automatisation de tache.

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COURS :

- Introduction générale : qu’est-ce que le cancer (tumeurs et leucémies), évolution épidémiologique, facteurs de risque ;
- Dérégulations fonctionnelles caractéristiques des cellules cancéreuses et des tumeurs malignes ;
- Origines génétiques des altérations cancéreuses ;
- Le processus métastatique : transition épithélio-mésenchymateuse et invasion cellulaire ;
- Les traitements des cancers : radiothérapies, chimiothérapies cytotoxiques généralistes, greffes de moelle osseuse ; thérapies ciblées ;
- Cycle cellulaire et dérégulations cancéreuses, thérapies innovantes ;
- Méthodes d’analyse en cancérologie : lignées cellulaires, tests en culture, modèles murins ;
- Développement de thérapies ciblées pour leucémie myéloïde chronique à Bcr/Abl ;

TD :

Comment analyser et critiquer une publication scientifique originale (de type Cancer Research)
- repérer la question biologique posée par les auteurs ;
- analyser la méthodologie mise en oeuvre pour y répondre ;
- analyser les résultats publiés ;
- critiquer les résultats : pertinence, cohérence par rapport au titre et au résumé.

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Cet enseignement est fortement recommandé aux étudiants se destinant aux métiers de l’enseignement et de l’environnement.
Un cours précédant le stage présentera le milieu marin et plus particulièrement la zone intertidale ou zone de balancement des marées, principal milieu étudié durant le stage. Le stage se déroulera sur l’île de Tatihou dans la Manche (Normandie). Chaque journée comportera l’observation et la collecte d’organismes marins sur le terrain, animaux et algues, dans différents faciès (sableux, rocheux, vaseux). La diversité des organismes planctoniques sera également appréhendée. Les collectes seront suivies d’une exploitation en salle incluant identifications, manipulations, dissections, réalisation d’un alguier. Des bilans, des diaporamas de révision ainsi que des cours de systématique complèteront les observations de terrain.

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