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Master Bioinformatique - Parcours : Biologie informatique

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
 
 
  • ECTS

    120 crédits

  • Niveau d'études visé

    BAC +5

  • Durée

    2 ans

  • Faculté

    Faculté des Sciences

  • Langue des enseignements

    Français, Anglais

Présentation

Le M1 Biologie Informatique-Ingénieur de Plate-forme en Biologie est une formation solide et interdisciplinaire, à l’interface de la biologie et de l’informatique, dotant les étudiants de compétences indispensables pour proposer des solutions innovantes afin de traiter des projets en relation avec la bioinformatique et les plates-formes en biologie.

La double compétence apportée par le M1 BI-IPFB répond aux besoins actuels des recruteurs et constitue le socle indispensable aux deux parcours de Master 2, M2 BI et M2 IPFB.

Le parcours Biologie-Informatique vise à approfondir les connaissances en bioinformatique, programmation, méthodologie, traitement des données, acquises à l’issue d’un M1. Il est l’un des rares parcours à couvrir les trois grands domaines de la bioinformatique: la Bioinformatique des Omiques (génomique, transcriptomique, protéomique etc.), la Bioinformatique Structurale, la Bioinformatique Systémique. Son approche pédagogique originale par « projets » renforce les compétences pratiques des étudiants, très appréciées par les professionnels.

 

Au niveau du M2, les compétences sont progressivement renforcées à travers des projets tutorés menés de manière collective ou individuelle. Ceci permet en effet de mettre l’étudiant en situation face à une problématique à résoudre. Ces projets comporteront des aspects techniques (programmation d’outils) mais devront mettre en avant les capacités organisationnelles (gestion de projets, hiérarchisation et répartition de tâches), d’analyse et de synthèse des étudiants.

En M2, l’orientation devient plus spécialisée sur des problématiques biologiques de pointe (Bioinformatique génomique, bioinformatique structurale, biologie systémique et protéomique) avec un renforcement méthodologique important. 

Pour plus d’information : http://biteach.sdv.univ-paris-diderot.fr

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Objectifs

L’objectif est de former des bioinformaticiens maîtrisant les méthodes actuelles de la bioinformatique mais aussi capables de développer de nouvelles approches et les mettre en œuvre grâce à de solides compétences en programmation et sciences des données. La formation vise aussi à doter d’une grande capacité d’autonomie et d’organisation afin de gérer des projets ambitieux en partenariat étroit avec des biologistes.

 Connaissances en biologie et en bio-informatique

  • Capacité à comprendre une problématique biologique et à maîtriser des technologies d’exploration du vivant produisant des données massives.
  • Capacité à utiliser et à développer des méthodes et outils logiciels dédiés à l’exploration informatique des données du vivant
  • Aptitude à communiquer
  • Maîtrise de l’anglais
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Compétences visées

  • Concevoir des solutions méthodologiques et scientifiques en incluant l’analyse et la synthèse des informations scientifiques, techniques, opérationnelles et interdisciplinaires
  • Définir un plan expérimental et un plan d’analyse des données pour l’aboutissement les projets de recherche et développement
  • Utiliser des logiciels de bioinformatique, déployer des bases de données et des services web et manipuler les approches biostatistiques de base pour exploiter et interpréter les données du vivant
  • Utiliser des appareillages scientifiques de pointe pour répondre aux problématiques dans un des domaines tels que l’imagerie, la cytométrie, la génomique, la transcriptomique, la protéomique, les productions à grandes échelles
  • Savoir communiquer en anglais

Compétences disciplinaires

  • Maîtrise des méthodes de la bioinformatique
  •  Maîtrise des principaux concepts de la biologie moderne
  • Développement des outils logiciels et bases de données dédiés à l’exploitation des données du vivant, respectant une démarche qualité.
  • Conception, réalisation des projets dans les 3 secteurs de la bioinformatique
  • Capacités d’analyse d’un problème biologique. Identification des solutions bioinformatiques adaptées.
  • Capacités de coordination de tâches en concertation avec les biologistes

 

Compétences transversales-personnelles

  • Expression en anglais et dans le langage scientifique du domaine
  • Maitrise des supports écrits et oraux de communication.
  • Sens de l'organisation, de la rigueur et de la méthode
  • Capacité de synthèse
  • Capacité d’interagir avec des publics de compétences variées.
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Programme

M1 :

S1 :

Bases de Unix et R (mise à niveau, 25h si nécessaire)

Fondamentaux: Biochimie et UE à choisir parmi : Biostatistiques et programmation R ou Projet tuteuré en biostatistique et R

Programmation et outils Mathématiques: 2 ou 3 UE à choisir parmi : Optimisation et apprentissage en biologie, Programmation Python 1 ou 2, Algorithmique 1 ou 2, Mathématiques 1, Projets tuteurés 1 ou 2, UE libre UE ou choix majeure informatique

Pratique et approfondissement: Anglais et 1 ou 2 UE à choisir parmi : Stage 1 et préparation tuteurée, Stage 2, Projet tuteuré-majeure biologie ou informatique, UE majeure informatique, Programmation avancée, Bases de données, UE majeure biologie

Orientation thématique I: Biologie innovante et Bio-informatiquede base

S2 :

Fondamentaux avancés : Analyse de données massives et Biophysique des interactions

Orientation thématique II : 5 ou 6 enseignements à choisir parmi : Bioinformatique structurale, Dynamique des macromolécules, Omiques 1, Interactions moléculaires dans les milieux biologiques, Traitement du signal, Programmation web, Traitement d’images, Stabilité des génomes et des épigénomes, Projets tuteurés Rosalind, Génétique des Populations, Génomique et évolution bactérienne et virale, UE à choix majeure informatique 2, UE choix parcours ISDD-macromolécules, UE Choix libre 2, Stage 3

UE Professionnalisation I : Stage 4 

M2 :

La formation (434 h en présentiel) comporte 3 stages pour une durée maximale de 6 mois. Les stages peuvent être réalisés au sein du même laboratoire ou dans des laboratoires différents, excepté pour les alternants qui les effectuent dans la même entreprise.

SEMESTRE 3:  (274 H)

  • Programmation et Gestion de Projets (30h)
  • Apprentissage, Intelligence Artificielle et Optimisation (AIAO) (30 h) : 2 choix selon niveau.
  • Applications et Projets Omiques (92h) 2 choix parmi : Biophysique des technologies omiques, Bioinformatique de la génomique, Bioinformatique de la métagénomique, Biologie des plates-formes en biologie, Physique optique, Production et gestion des Big Data en biologie, Omiques niveau 2
  • Bioinformatique structurale 2 (52h)
  • Projets Tuteurés et Spécialisation 1 (50h) au choix parmi Bioinformatique intégrative et systémique, ou Omique 2
  • Restitution Projet Entreprise (20h)

SEMESTRE 4: (160 H)

  • Conception et Gestion d’un Projet de Recherche (60h) :
  • Projets Tuteurés et Spécialisation 2 (90h) au choix parmi Projets tutorés spécialisés en bioinformatique, Omiques, Traitement avancé du signal et des images
  • Restitution Projet Entreprise (10h)

Rythme de la formation : S1 : 3 à 3,5 jours cours et 1,5 à 2 jours stage ou projet tuteurés - S2 : de janv. à mi-mars cours, à partir de mi-mars à juin stage (Formation initiale (FI)) ou à fin août (Formations en Apprentissage (FA) et Professionnalisante (FP)) - M2 : Alternance cours (C)/ Projet et stage/entreprise (S) : 1 à 2 mois cours alternés avec 1 à 2 mois stage. A partir de juillet stage. 25 à 30h par semaine.

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Stages et projets tutorés

Outre les stages qui se déroulent en laboratoire ou en entreprise, plusieurs projets tutorés de complexité croissante proposés par des professionnels contribuent à la formation par la pratique.

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Contrôle des connaissances

Contrôle continu et examen

Le contrôle des connaissances s’effectue sous forme de réalisation de projets, de compte-rendu de travaux pratiques, de synthèse de travaux et d’évaluation des cours en pédagogie inversée.

Pour les alternants, les séjours en entreprise s’effectuent en Novembre, de mi-Janvier à mi-Mars et de Mai à fin Août.  

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Tutorat

Tous les étudiants sont suivis régulièrement par les responsables de la formation et l’équipe pédagogique. Les tuteurs attribués aux étudiants en FA répondent au cahier des charges de l’apprentissage.

En outre, compte tenu des compétences complémentaires requises et de la formation initiale des étudiants, un tutorat  dédié est mis en œuvre sous deux formes : des étudiants volontaires de la promotion et des référents pédagogiques désignés par les responsables de la formation.

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Admission

Public cible

M1 : Titulaires de : Licence de Biologie - Informatique, licence de Bioinformatique, licence de biologie / biochimie / biologie moléculaire, licence Sciences de la Vie/ du Vivant, Licence Sciences Biomédicales, Licence Informatique, Licence Chimie, Licence Chimie-Physique

M2 BI :

Titres requis :

  • M1 Informatique-Bioinformatique
  • M1 In Silico Drug Design (ISDD)/Informatique
  • M1 Physique-Chimie avec un fort intérêt pour les Sciences du Vivant
  • M1 Sciences Biomédicales
  • Titre équivalent à un BAC +4  et/ou expérience professionnelle

Sur validation des acquis en M1 ou M2 : tout candidat pouvant justifier d’acquis de niveau équivalent dans le cadre de son expérience professionnelle.

La remise à niveau effectuée en M1 permet d’accepter des étudiants provenant d’autres formations, pourvu que l’intérêt pour la biologie ou l’informatique soit manifeste.

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Conditions d'admission

Connaissances fondamentales dans les disciplines: Biologie structurale, Biologie moléculaire et cellulaire, Biostatistiques, Bioinformatique et/ou Programmation et Algorithmique.

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Pré-requis

L’entrée directe en M2 est possible pour des étudiants ayant une connaissance de base d’un langage de programmation et en biostatistiques ainsi que des notions fondamentales de la  Biologie.  

 Bon niveau dans les enseignements de biologie structurale, biologie moléculaire et cellulaire, bioinformatique. Bon niveau en biostatistiques ou très bon niveau en programmation et algorithmique.

Niveau confirmé en français (C1) , anglais courant et connaissances de l'anglais scientifique, motivation du candidat

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Modalités de candidature

Recrutement sur dossier et entretien avec le jury d’admission.

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Et après ?

  • 96.5%

    Taux de réussite (Évaluation du taux de réussite sur l’ensemble des années du Master BI)

Poursuite d'études

Doctorat

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Insertion professionnelle

Métiers : Bioinformaticien, Ingénieur en bioinformatique, développeur d’application Web ou logiciels dédiés à la bioinformatique, chef de projets recherche et développement en bioinformatique.

Domaine et/ou Secteur d’activité : 

Domaines : Sciences, technologies et santé

Activités spécialisées scientifiques et techniques

Entreprises ou organismes d’accueil :

  • Entreprises pharmaceutiques, de biotechnologie, agroalimentaires, ...
  • Fonction publique spécialisée (EPST, universités, CNRS, INSERM, INRAE, CEA, milieux hospitaliers,…)
  • Entreprises SS2I.
  • Grands groupes industriels (EDF, Dassault-Systemes..)

Taux d’insertion : 80 % à 2 mois, 100% à 6 mois.

Salaire d’embauche annuel à la sortie : ~ 24 000 €

1/3 CDI, 1/3 CDD, 100% Cadres

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Référentiel

Référentiel ROME

  • Conseil et maîtrise d'ouvrage en systèmes d'information
  • Intervention technique en études, recherche et développement
  • Intervention technique en laboratoire d'analyse industrielle
  • Management et ingénierie qualité industrielle
  • Administration de systèmes d'information
  • Etudes et développement informatique
  • Recherche en sciences de l'univers, de la matière et du vivant

Référentiel RNCP

25195

Contacts

  • Anne-Claude Camproux

    Co-responsable de la mention
    • anne-claude.camproux@u-paris.fr
  • Catherine Etchebest

    Co-responsable de la mention
    • catherine.etchebest@u-paris.fr
  • Véronique Gruber

    Co-responsable de la mention
    • veronique.gruber@u-paris.fr
  • Delphine Flatters

    Co-responsable 1ère année
    • delphine.flatters@u-paris.fr
  • Gautier Moroy

    Co-responsable 1ère année
    • gautier.moroy@u-paris.fr
  • Catherine Etchebest

    Co-responsable 1ère année
    • catherine.etchebest@u-paris.fr
  • Véronique Gruber

    Co-responsable 1ère année
    • veronique.gruber@u-paris.fr
  • Jean-Christophe Gelly

    Co-responsable 2ème année
    • jean-christophe.gelly@u-paris.fr
  • Catherine Etchebest

    Co-responsable 2ème année
    • catherine.etchebest@u-paris.fr
  • Cedric De Cassan

    Secrétariat pédagogique
    • 01 57 27 82 46
    • cedric.de-cassan@u-paris.fr
  • Reine Rigault

    Contact(s) Formation Continue
    • 01 57 27 82 34
    • fcsdv@u-paris.fr

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