Protéomique

Cette Unité d’Enseignement (UE) offre une formation complète en protéomique, couvrant les aspects théoriques, méthodologiques et pratiques de l’analyse des protéines et des peptides. Elle permet aux étudiants d’acquérir une vision globale des stratégies protéomiques modernes, depuis la préparation des échantillons jusqu’à l’analyse des données, en passant par les techniques de spectrométrie de masse et leurs applications.

1. Fondamentaux et techniques clés

L’UE commence par un état des lieux des analyses protéomiques, suivi d’une étude approfondie des méthodes de spectrométrie de masse adaptées aux peptides et protéines. Les étudiants explorent les principes des modes d’ionisation (MALDI, ESI), les analyseurs de masse (TOF-TOF, Q-TOF, Trappe, Orbitrap, FTICR), ainsi que les mécanismes de fragmentation. Une comparaison des spécificités et des applications de ces techniques permet de comprendre leurs avantages et limites respectifs.

2. Stratégies protéomiques et applications

Les étudiants découvrent les stratégies d’identification et de quantification des protéines, qu’elles soient classiques ou haut débit, ainsi que les méthodes dédiées à l’analyse de mélanges complexes. L’UE aborde également la caractérisation des modifications post-traductionnelles (connues ou inconnues), l’étude des interactions protéine-protéine, et l’obtention d’informations structurales (interactions non covalentes, déterminants structuraux).

3. Préparation des échantillons et enrichissement

Un volet important est consacré aux méthodes de préparation, séparation et enrichissement des protéines et peptides, incluant les techniques classiques (électrophorèse, chromatographie) et les approches spécifiques aux modifications post-traductionnelles (glycosylations, phosphorylations) et aux protéines membranaires. Les méthodes d’enrichissement sont également étudiées pour optimiser l’analyse des échantillons complexes.

4. Analyse des données et travaux pratiques

L’UE inclut des cours et travaux dirigés sur l’analyse des données protéomiques, allant de la mesure de masse à la fragmentation des peptides et protéines, en passant par des cas pratiques et l’utilisation d’outils d’intelligence artificielle pour le traitement des données haut débit. Les étudiants apprennent également à réaliser des analyses statistiques pour interpréter leurs résultats.

Enfin, un atelier pratique sur une plateforme de protéomique permet aux étudiants de mettre en œuvre les techniques étudiées, en réalisant des mesures de masse et d’identification de protéines, renforçant ainsi leurs compétences expérimentales.

Cette UE prépare les étudiants à maîtriser les outils et méthodes essentiels de la protéomique moderne, tout en développant leur capacité à analyser et interpréter des données complexes, une compétence clé pour la recherche en biologie structurale et en sciences du vivant.

Pré-requis recommandés : biochimie des protéines et/ou chimie analytique et/ou spectrométrie de masse.

 Evaluation Continue non Intégrale 

Lieux d'enseignement : I2BC, campus CNRS Gif-sur-Yvette